在司法实践中，婚内强奸行为通常做以下认定：
1、离婚诉讼期间内发生的多被认定为强奸罪
夫妻一方提起离婚诉讼后，婚姻关系明显出现破裂，妻子有权中止履行性交义务。如果丈夫执意对妻子实施强奸行为的，法院一般会依此认定丈夫构成强奸罪。应该说，在这种情形下，法院将“离婚诉讼期间”作为强奸罪成立的形式要件，是正确且妥当的。因为自夫妻双方进入离婚诉讼程序后，至少表明有一方当事人认为双方感情已经破裂，“法律不会强人所难”，丈夫实施强奸行为的，明显侵犯了妻子的性自主权，无疑构成强奸罪。
2、未提出离婚诉讼的几乎都难以被认定为强奸罪
现实生活中，不少夫妻感情出现问题后妻子明确拒绝与丈夫发生性关系，但即便丈夫使用暴力强行与妻子发生性关系的，往往也不能认定为强奸罪。这一方面是因为该类案件的性质界定困难，司法机关无法仅依据妻子一方事后的言词或孤证认定案情；另一方面则是出于对民众婚姻家庭幸福的考虑，如果妻子随时可以以自己受到丈夫强奸为由将丈夫送入监狱，那么绝对会出现不少妻子利用该罚则达成非法目的的情况。
当然，如果婚内强奸造成伤害后果或者有虐待等其他严重情节的，可以以其他罪如故意伤害罪、虐待罪等论处。
3、以结婚为目的同居期间或形成事实婚姻关系的同居期间，男子违背女子意愿，强行与女子发生性关系是否构成强奸罪?
目前并没有规范同居关系的相应法律规定，因此，从形式上来说，这种情况下，男子构成强奸罪，没有刑法上的障碍。问题是，随着社会的发展，即使在我国现阶段，婚前同居的现象，已从观念上被人们所接受，不再谈同居而色变，同居关系是一种亲密的人际关系，尤其是以结婚为目的婚同居及形成事实婚姻关系的同居，法律保护这种关系的稳定性仍具有现实意义。
综上，在一般情况下，丈夫不能成为强奸罪的主体。但是，夫妻同居义务是从自愿结婚行为推定出来的伦理义务，不是法律规定的强制性义务。因此，不区别具体情况，对于所有的婚内强奸行为一概不以犯罪论处也是不科学的。
司法机关在尝试将婚内强奸犯罪化的同时，仍保持较为谨慎的态度。从我国现有的婚内强奸案件判决来看，即使行为人被认定为强奸罪既遂，判处的刑罚往往也很轻。其中，大部分案件都判处3年有期徒刑以下刑罚，部分还适用缓刑。
